W latach 1581-1628 kościół służył protestantom. W czasie I wojny światowej trzy dzwony spośród pięciu oddano na potrzeby wojska. Powstanie szkoły miejskiej przy kościele św. Mikołaja głogowscy rajcy miejscy musieli „okupić” procesją pokutną. Boso, z odkrytymi głowami, bez pasów, niosąc świece musieli przejść od kościoła parafialnego do kościoła franciszkanów, a stamtąd do kolegiaty. W 2008 roku odkryto komorę grobową z 1636 roku ówczesnego komendanta twierdzy płk. Georga von Rostock.